از طریق پساب‌های کشاورزی و فاضلاب‌های شهری مقدار زیادی مواد آلی و معدنی به درون محیط‌های آبی راه پیدا می‌کنند که در نهایت باعث تغییر در موجودات اکوسیستم آبی شده و توازن طبیعی و متعادل آن را برهم می‌زند. به طور نمونه وجود فسفات در پودرهای لباسشویی که از طریق فاضلاب‌ها به شبکه آب‌های سطحی یا زیرزمینی نفوذ می‌کند. اگر این آب آلوده به فسفات وارد دریاچه‌ها شود منجر به افزایش رشد بعضی از گونه‌ها می‌شود و تعادل زنجیره غذایی را برهم می‌زند.گاهی آلودگی حرارتی ناشی از مصرف آب رودخانه‌ها به منظور ‌خنک کننده در کارخانه‌ها در محیط رودخانه‌ها رها می‌شوند و ‌به این ترتیب میزان اکسیژن بسیاری از رودخانه‌ها را کاهش می‌دهد و زمینه را برای گسترش آبزیان گرمایی فراهم می‌کند. آلودگی حرارتی رودخانه‌ها نمونه ساده‌ای از آلودگی آب‌ها است که به علت تغییر ویژگی‌های محیط آب، آلودگی شیمیایی به حساب می‌آید زیرا به طور تقریبی تمامی گرمای اضافی از طریق عملیات و فرآیندهای صنعتی وارد رودها می‌شود که فقط سه‌چهارم آن از راه نیروگاه‌های تولید برق به وجود می‌آید.گرما باعث تغییر کیفیت شیمیایی آب می‌شود ‌به این ترتیب که آب گرم نسبت به آب سرد اکسیژن کمتری دارد و متابولیک ارگانیسم‌های ‌فاسد کننده آب را سرعت می‌بخشد و نیز مکانیزم تخم‌ریزی و خروج بچه‌ماهی‌ها را دچار اختلال می‌کند.گیاهان، حیوانات و انسان‌ها همواره خواص شیمیایی آب‌ها را تحت تأثیر قرار می‌دهند به گونه‌ای که در حدود ۳ میلیون سال قبل جلبک‌های سبز ـ آبی به وجود آمدند که نخستین ارگانیسم‌های فتوسنتزکننده بودند. با تولید اکسیژن، میزان آلاینده‌ها نیز در سطح جهان در اکوسیستم‌های خشکی، هوا و آب افزایش یافت و یکی دیگر از آلاینده‌ها را پدید آورد به نام باران اسیدی که اثرات اکولوژیکی قابل مشاهده و غیرقابل مشاهده‌ای بر اکوسیستم آب‌های سطحی برجای گذاشت و به مراتب باعث تغییراتی در گونه‌های گیاه و جانوری آبی شد.دریاچه‌ها و رودخانه‌ها و آبزیان محیط‌های آبی بسته از آسیب‌پذیرترین اکوسیستم‌ها در برابر باران‌های اسیدی به شمار می‌روند و به طور طبیعی مقاومت کمتری در برابر باران‌های اسیدی نسبت به خاک‌ها دارند. باران اسیدی چیزی جز فرآورده انسان صنعتی نیست. همانند دیگر دخالت‌های او در برهم زدن انواع اکوسیستم‌ها امری اجتناب‌ناپذیر برای او محسوب می‌شود.دودی که از دودکش‌های کارخانه‌ها و صنایع به هوا می‌رود شامل گوگرد و نیتروژن است و زمانی که این عناصر با رطوبت هوا ترکیب شوند اسید نیتریک و اسید سولفوریک را به وجود می‌آورد. هوای مرطوب اسیدی با گذشتن از بلندی‌های کوهستانی بین راه سرد می‌شود و به صورت بارش به زمین فرو می‌ریزد. باران‌های اسیدی گاهی بر اکوسیستم‌هایی می‌بارد که می‌توانند تغییرات ملایمی در PH آن به وجود بیاورد و از این اکوسیستم‌ها دریاچه‌ها و دریاها در برابر باران‌های اسیدی آسیب‌پذیرتر هستند که آشکارترین اثر تخریبی این باران‌ها بر اکوسیستم آب شیرین است.اثرات آلودگی‌ها بسیار گوناگون هستند و هر نوع آلودگی در اکوسیستم‌ها علت و مکانیزم خاصی دارند. در نتیجه تمامی آلودگی‌ها یک هدف را دنبال می‌کنند و آن کاهش زندگی بر روی کره زمین است.یعنی همه آلودگی‌ها به برهم زدن تعادل‌های طبیعی محیط‌ها و خراب و فاسد کردن مایعی که از ترکیب اکسیژن و هیدروژن به دست می‌آید منتهی می‌شود. همچنین هر اتفاقی که اکسیژن‌سازی محیط و شرایط ترکیب آن را با هیدروژن و در نتیجه مکانیزم آب‌سازی را در طبیعت برهم بزند به ناچار آلودگی و نابودی آب‌ها را به دنبال دارد.

۲-۱۰-۱ جغرافیایی طبیعی خلیج فارس : خلیج فارس از پدیده‌های دوران سوم زمین شناسی است و حدود ۳۰ میلیون سال قبل به وجود آمده است . گستره خلیج فارس قبلاً بیشتر از امروز بوده و شاید دو برابر موقعیت فعلی وسعت داشته است . زمانی شاید در شمال تا چهارصد کیلومتر فراتر از ساحل امروزی خود گسترش داشته است ، به طوری که طبق شواهد موجود آب دجله و فرات زمانی به طور مستقل وارد خلیج فارس می شد . ولی امروزه این دو رود پس از پیوستن به رودخانه کارون و تشکیل اروند رود به خلیج فارس می ریزد . طبق شواهد ، خلیج فارس زمانی تقریباً تمامی سطح جلگه بین النهرین جنوبی و مرکزی را تا حدود « حدثیه و هیت » در شمال بغداد و همینطور بخش اعظم جلگه برازجان و بهبهان و خوزستان تا کوه زاگرس را تا اواخر دوره سوم زمین شناسی در بر می گرفت . کوچک شدن خلیج فارس در اثر تحولات زمین شناسی و ریزش رسوبات رودخانه ای به آن بوده است . ( همایون الهی ، ۱۳۸۹: ۷ )